גודל מרגון בינוני הוא כגודלו של ברווז ממוצע. אורך גופו מגיע לכדי 60 ס"מ. אורך מוטת כנפיו מגיעה ל-72 ס"מ. משקלו של פריט בוגר עשוי להגיע עד 1.3 ק"ג. הזכרים נבדלים בצבעיהם מנקבות מרגון בינוני. שתי הזוויגים בעלי צוואר וראש מוארך. המקור הוא ארוך, צר ואדמדם. אצל זכרים: הראש בגוון שחור-ירקרק, החזה בצבע חום בהיר, צידי הגוף אפורים, הגב שחור כהה וכתמים לבנים מופיעים באזור הכנפיים. אצל הנקבות: הראש חום ושאר הגוף בגווני אפור.

תקופת קינון מרגון בינוני היא בחודשי האביב (אפריל עד יוני). הקינון נעשה על הקרקע בקרבת צמחיה צפופה. הצמחייה הצפופה מספקת לקן הסוואה מסוימת. הנקבה מטילה 8-10 ביצים. צבע הביצים הוא ירקרק. משך הדגירה על הביצים הוא כ-30 ימים.

תזונת מרגון בינוני מבוססת בעיקר על מאכל דגים. בנוסף, ניזון מרגון בינוני גם מחסרי חוליות, חרקים ואף מדו-חיים.