שמה של נביעת המים אשר לראשיתו היא "עין דן". שטחה הוא רב ומוערך ב-1200 מטרים רבועים. בשטח הנביעה קיימים מספר נקודות בהם המים נובעים. מי נביעות הללו מתחברים במהרה אל נחל דן ומתאחדים שם לנחל אחד גדול. נביעת עין דן פעילה במשך כל חודשי השנה ומספקת לנחל דן חיים. עוצמת הנביעה נשארת קבועה וכך גם גובה הנהר. בחודשי החורף הגשומים נוסף מקור מים חדש לנחל דן אשר מעלה במעט את המפלס.

המים הנובעים בנביעת עין דן הם מי גשמים ושלגים אשר מקורם ברמת הגולן. מים אלו מחלחלים אל פנים ההר ונאגרים שם עד לנביעתם מיוחלת. לב האדמה משמר את טמפרטורת המים הנמוכה. טמפרטורה זו היא כה קרה עד שמי דן נשארים קרים עד למפגשם עם מי נחלים אחרים (מתרחש בנחל הירדן).

על מנת לשמור על אופיו הייחודי של נחל הדן, הוחלט להגדיר אותו כשמורת טבע. שם השמורה הוא- שמורת טבע תל דן והיא משתרעת לאורכו של נחל דן. שמורת תל דן מהווה יעד מועדף על ידי משפחות רבות בישראל וזאת משום אופי המסלולים הקלים לתנועה. השמורה מציעה לקהל המבקרים מספר מסלולים בדרגות קושי שונות. הכניסה לשמורה כרוכה בתשלום.

תוואי נחל דן ואיכות המים שבו נשארו תקינים למרות מחלוקות רבות שצפו במרוצת השנים. ישובי האזור המתפתחים היו זקוקים למשאביו על מנת להאיץ את קצב התפתחותם. מימיו היקרים שימשו ומשמשים את תושבי האזור. ברם, שימוש במימיו נעשה בתיאום מוסכם עם גופים שומרי טבע. כך למשל הוסכם כי שאיבת המים תעשה במקומות בהם הנזק יהיה מינימלי. השימוש העיקרי הוא לצורכי חקלאות: השקיית עצים וגידול דגים. אחת התעשיות הבולטות באזור נמצאת בקיבוץ דן והיא עושה שימוש במי הנחל לצורך גידול דגי מאכל. במקום גדלים מספר סוגים של דגי מאכל הנהנים מתכונות המים שבמקום. העיקרי שבהם הוא דג טרוטת עין הקשת (פורל) אשר יובא מיבשת צפון אמריקה.

מי נחל הדן הצלולים מהווים קרקע פורייה להתפתחות החי והצומח. בין אם נתבונן במים או מחוצה להם, נבחין כי החיים בנחל דן משגשגים. נחל זה, אשר מקורותיו אינם סבלו מזיהומים משמעותיים, תומך בחיים בנחל.

ישנו מספר מיני דגים בנחל דן. שניים מהם בולטים: חפף ישראלי וטרוטת עין הקשת. דגים אלו נצפים במי הנחל באופן תדיר. מעניין לדעת כי דגי טרוטת עין הקשת מקורם בבריכות הדגים הסמוכות. הם נמלטו מהבריכות והקימו אוכלוסיה משגשגת בנחל.