מוצאו של בניאס מורכבים מנביעה הקיימת בראשיתו וממספר יובלים עיקריים. יובליו המרכזיים הם נחל סער ("ואדי חשבה"), נחל שיאון ("ואדי עסל") ונחל גובתה. היובלים הללו מובילים בעיקר מי גשמים ושלגים. ברובם אינם פעילים במשך כל עונות השנה אלא בחורף. שלושת היובלים הללו יחדיו מהווים כ-20 אחוזים מסך כל המים הזורמים בנחל הבניאס.

עיקר המים הזורמים בנחל בניאס הם מי נביעה. הנביעה מתרחשת בבריכות טבעיות אשר שופצו בידי האדם. חלקם נובעים במערות המצויות בקרבת מקום. את הנביעה מזינים מי גשמים ומי שלגים שמקורם בהר חרמון וסביבתו. מים אלו הם מים קרים. טמפרטורת קרה זו משתמרת היטב במאגרים תת קרקעיים עמוקים. גם בנביעתם, טמפרטורת המים עודנה נמוכה. טמפרטורת המים בנחל בניאס היא כ-15 מעלות צלזיוס.

הבניאס הוא נחל בעל זרימה פראית. זרימתו העזה יוצרת אשדי מים לבנים בחלקים נכבדים מאורכו. מים לבנים אלו נוצרים משום השיפועו החד. שיפועו החד (כ-5.5%) מושך את המים על פי כוח המשיכה וחורץ את הקרקע. לאורכו קיימים מספר מפלים אשר הבולט שבהם הוא מפל הבניאס.

מפל הבניאס (נקרא גם "מפל חרמון") הוא אחד מהמפלים המרשימים ביותר בישראל. גובהו של מפל הבניאס הוא 10 מטרים. גובהו הרב של המפל הופך את מימיו הצלולים ללבנים. קיים שביל גישה להולכי רגל המוביל אל תחתית המפל. שם נהנים המטיילים מרסיסי מים רבים הנישאים באוויר ומרעננים את כל נוכחי המקום. 

עד לעבר הלא רחוק היה רוב נחל בניאס בשליטת הסורים. המקום עורר בעבר מתיחות רבה בין סוריה לישראל. טרם כיבושינו את המקום, פעלו הסורים נמרצות להטות את מי נחל בניאס. מאמצי הסורים, אשר היו בניגוד מוחלט לחוקים בין לאומיים אשר אוסרים הטיית מקורות מים, עוררו את חמתם של הישראלים אשר בתגובה פעלו במישור המדיני והצבאי על מנת לסכל פעילויות אלו. הצבא הסורי אשר ישב במקום, נהנה מפרותיו הרבים של האזור. אז, שחו קצינים סורים בבריכת בטון אותה בנו בלב הנחל. בריכת שחייה זו נודעת כיום בשמה הנפוץ - "בריכת הקצינים".

בריכת הקצינים היא בריכת בטון גדולה בלב שטח נחל בניאס. בריכת קצינים זו, בדומה לברכות נוספות אשר נבנו על ידי הצבא הסורי ברמת הגולן, שימשה את הקצינים הסורים אשר בילו בה. אותם קצינים שהו במקום זה עד למלחמת ששת-הימים. אז, כבש צה"ל את המקום. גם היום ניתן לצפות בבריכת הקצינים הסורית, אולם בתצורה מעט שונה מאשר היא הייתה בעבר. אחד מקירות הבריכה נפרץ (באופן מכוון) והמים בה רדודים יחסית.

ייחודו הטבעי של נחל הבניאס זוהה עוד באמצע המאה ה-20'. אז, לאחר שנים של עבודה בנושא, הוכרז נחל בניאס כשמורת טבע. שמורת נחל חרמון הוכרזה בשנות ה-60' ואורכה כ-7 ק"מ. היא מצויה משתי גדותיו של נחל חרמון.

השם "בניאס" הוא שמו הערבי של הנחל. שם ערבי זה מקורו בעיר שהייתה קיימת בעבר הרחוק במקום ושמה "פניאס". פאניס נכבשה ע"י הרומאים וסופחה לממלכה. לאחר מות הורדוס, ניתן האזור לאחד מבניו (פיליפוס) אשר הקים בעיר פאניס את בירת ממלכתו. חפירות ארכאולוגיות שנעשו במקום גילו שרידים של בית מקדש שהיה במקום. היה זה בית מקדש יווני משנת 300 לפני הספירה. למבקרים בשמורה ניתנת האופציה לצפות בחלק ממצאי החפירות. 

משום יופייה הרב, משמשת שמורת נחל חרמון כמוקד משיכה לעשרות מטיילים ותיירים, מהארץ ומהעולם. תוואי השטח בשמורה הותאם לקבלת טיילים רבים על ידי פריצת מספר שבילים לגדות הנחל. השמורה מציעה לקהל המטיילים 4 מסלולים שונים בשלל רמות קושי, לרבות מסלול מעגלי. הכניסה לשטח השמורה הוא בתשלום. הכניסה למים אסורה בכל שטח השמורה.